W 1601 na synodzie diecezjalnym wydano dekret o powstaniu seminarium. Z kolei 20 grudnia 1602 kard. Bernard Maciejowski podejmuje decyzję o erygowaniu seminarium. Początkowo alumni mieszkali na Wawelu, ale z czasem wyodrębniły się trzy seminaria: prowadzone przez księży misjonarzy, akademickie i zamkowe. Jednak 28 września 1901 powstało nowe seminarium diecezjalne przy ul. Podzamcze. Zostało powołane przez biskupa krakowskiego kardynała Jana Duklana Puzynę, którego staraniem wzniesiono w latach 1899–1902 neogotycki gmach według projektu Gabriela Niewiadomskiego. W roku 1954 diecezja oddała na użytkowanie seminarium budynek przy ul. Piłsudskiego 4 (wówczas Manifestu Lipcowego 4). W kolejnych latach dokonano wielu remontów i modernizacji tak, aby 17 listopada 2001 uroczyście świętować 400-lecie seminarium, które służy wielu pokoleniom kapłanów. 13 sierpnia 1991 seminarium odwiedził papież Jan Paweł II.

Oto szczyt lata, krótki moment, kiedy wydaje się ono wieczne i nie można dostrzec ani śladu wiosny, ani zapowiedzi jesieni.. Pełnia lata i ta wiadomość o śmierci naszego księdza. Chociaż spodziewana, dotknęła wszystkich. Tych, którzy tego upalnego sierpnia byli na Mistrzejowicach, jak i tych , którzy wyjechali na wakacje.
Byli i tacy, którzy na wieść o tym przerywali urlopy i wydawało się, że w dniu pogrzebu nikt nie został w domu. Szli ludzie starzy, chorzy, matki z dziećmi na rękach, ktoś pchał wózek inwalidzki, szła młodzież, studenci. Tych ostatnich było pięć osób. To im kiedyś ks. Józef powiedział, że muszą zacząć budować Duszpasterstwo Akademickie. To nic, że jest ich tak mało. To dla nich przebrał się kiedyś za św. Mikołaja / przyniósł banany/. Miał dla nich zawsze czas i życzliwe otwarte serce.
Teraz szli wśród innych delegacji niosących wieńce, kwiaty. Tysiące kwiatów. Szedł wielotysięczny tłum ludzi, już nie tłum, ale rzesza wiernych w skupieniu i ze łzami w oczach odprowadzająca swojego Pasterza. Podążali za prostą dębową trumną, tego, który im dodawał ducha w chwilach zwątpienia. Oni zaś dopiero tak niedawno weszli w krąg Jego oddziaływania apostolskiego i Jego myśli. Teraz wszyscy są razem. Temu „razem” zmarły ks. Józef poświęcił wszystkie siły swojego pracowitego życia. Był to człowiek trudnych czasów i trudnych decyzji; twardy w stosunku do siebie i łagodny w stosunku do innych : człowiek apostolstwa. Pozostawił po sobie wiele. I to właśnie przypomina, że nie ma go wśród nas. Będzie nam brakowało Człowieka, który zaskarbił sobie ogromny szacunek, autorytet i miłość wielu ludzkich serc. W kilka miesięcy później, 1 listopada, setki świec zapłonęły na Jego mogile, na cmentarzu w Grębałowie, w grobowcu Ojców Cystersów.