Ks. Jan Lech zostaje oskarżony o przynależność (od wiosny 1951) do nielegalnej organizacji Odwet Górski "mającej na celu zmianę na drodze w formie przemocy ustroju Państwa Polskiego" - organizacja określana jest także jako "kontrewolucyjno szpiegowsko-dywersyjna" - i osadzony w wiezieniu na Montelupich w Krakowie. Jest przesłuchiwany przez oficerów śledczych Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa w Krakowie (porucznik Jan Gil), również w obecności Wojskowej Prokuratury Rejonowej w Krakowie (kapitan Jerzy Niziński). Według dokumentów UB w Krakowie ks. Jan Lech został aresztowany 30 kwietnia 1952, śledztwo rozpoczęto 6 maja 1952, do odpowiedzialności karnej pociągnięto go 22 czerwca 1953, śledztwo zamknięto 22 czerwca 1953, akt oskarżenia sporządzono 23 czerwca 1953 roku. 30 września 1953 zostaje skazany przez Wojskowy Sąd Rejonowy w Krakowie na 10 lat więzienia i pozbawienie praw publicznych i obywatelskich na 3 lata oraz całkowity przepadek mienia. Wyrok jest prawomocny od 29 października 1953 roku. 19 listopada 1953 ks. Jan Lech zostaje przetransportowany do więzienia w Wiśniczu i osadzony tam o godz. 17. 9 lutego 1956 Sąd Wojewódzki w Krakowie IV Wydział Karny obniża wyrok do 6 lat i 8 miesięcy. 28 lutego 1956 więzień ks. Jan Lech zostaje przetransportowany do wiezienia we Wronkach. Prokurator Wojskowy w Poznaniu na postawie amnestii z dnia 27 kwietnia 1956 roku postanawia złagodzić karę pozbawienia wolności do 3 lat i 4 miesięcy, a utratę praw publicznych i obywatelskich do 1 roku i 6 miesięcy. Ks. Lech opuszcza wiezienie w Wronkach 3 maja 1956 roku o godz 10.

Od momentu przybycia do Kamienicy (listopad 1949) ks. Jan Lech jest inwigilowany przez Urząd Bezpieczeństwa Publicznego w Limanowej, podejmuje z nim rozmowy i prowadzi pozorowaną współpracę. Jako ksiądz katolicki nie ma żadnych złudzeń co do zagrożenia, jakie niesie Polsce komunizm, i metod działania używanych przez komunistów. Od wiosny 1951 roku działa aktywnie w Odwecie Górskim, jest współtwórcą "Protokołu przesłuchania świadków na okoliczność masowej zbrodni morderstwa oficerów Wojsk Polskich w Katyniu", jak też "O i B gminy zbiorowej Kamienica powiat Limanowa" i innych. W archiwach IPN Kraków Odział w Wieliczce znajdują się stenogramy przesłuchań, protokół rozprawy, wyrok, donosy na księdza, listy z odwołaniami od wymierzonej przez komunistyczne władze kary, napisane przez ks.Jana Lecha, jego matkę Katarzynę Lech, jego brata ks. Józefa Lecha oraz parafian z Krasnego-Lasocic, jak i wiele innych dokumentów świadczących o represjach jakim podlegał.